La profession de masseur-kinésithérapeute est dotée d'un Ordre et soumise à une déontologie, dont les règles sont transcrites dans le Code de déontologie de la profession. L’Ordre des MK a été créé par la loi du 9 août 2004, et le Code de déontologie est issu du décret n° 2008-1135 du 3 novembre 2008.
L’Ordre des masseurs-kinésithérapeutes doit veiller au maintien des principes de moralité, de probité et de compétence indispensables à l’exercice de la profession. Il doit également veiller à l’observation, par les masseurs-kinésithérapeutes, des droits, devoirs et obligations professionnels ainsi que des règles édictées par le code de déontologie. D’autre part, il contrôle les contrats professionnels (remplacement, collaboration, par exemple), et tient un rôle de conciliation et de médiation entre professionnels et patients ou entre professionnels.

Par ailleurs, il peut donner son avis lorsqu’il est consulté par le ministre de la santé.

En pratique, l’Ordre accomplit ses missions par l’intermédiaire de conseils départementaux, régionaux ou interrégionaux, et national.

Les conseils départementaux procèdent notamment aux inscriptions au tableau, qui rend licite l’exercice professionnel. Les missions disciplinaires de première instance et l’évaluation des pratiques professionnelles sont confiées au niveau régional. Enfin, l’Ordre national est l’interlocuteur général et comporte une instance d’appel disciplinaire.

Tous les masseurs-kinésithérapeutes habilités à exercer en France doivent être inscrits à l’Ordre, y compris les MK salariés (mais à l’exception des MK qui relèvent du service de santé des armées).