La Fédération se réunit en congrès fédéral administratif ordinaire et en congrès financier ordinaire tous les ans au mois de juin.

L'ordre du jour est fixé par le conseil fédéral, sur proposition du secrétaire général.

Le congrès administratif ordinaire a pour but de voter le budget et la quote-part fédérale pour l'année suivante, et éventuellement, d'élire les membres du conseil fédéral en cas de siège vacant.

Il peut voter des motions portant sur la politique fédérale. Le congrès financier ordinaire a pour but d'approuver ou refuser les comptes de l'année précédente.

Tous les trois ans, le congrès administratif ordinaire devra en outre approuver ou rejeter le rapport moral du conseil fédéral.

Il procèdera ensuite à l'élection des membres du conseil fédéral conformément à l'article 11 des statuts. Il peut se prononcer sur les actions préconisées par le Conseil fédéral ou les diverses commissions.

Des assises nationales sont organisées au moins tous les trois ans en même temps que le congrès administratif ordinaire, elles auront pour but, notamment, de réfléchir à la prospective professionnelle, de proposer des orientations de la politique et des actions fédérales à soumettre à l'aval du Congrès fédéral.

La Fédération peut se réunir en congrès extraordinaire soit en présentiel, soit par visioconférence, sur décision soit du bureau, soit du conseil fédéral, soit à la demande du tiers des syndicats affiliés à la Fédération représentant au moins un tiers des adhérents à la FFMKR et à jour de cotisation.

Son ordre du jour est toujours limité aux questions ayant motivé sa convocation et ne peut, en aucun cas, porter sur les élections.